Las condiciones del relieve y del clima predominante en las Montanhas Mágicas proporcionan las condiciones ideales para la existencia de una exuberante y diversa flora, con extensas áreas de flora nativa y especies raras

La flora tiene una gran importancia en las Montanhas Mágicas®, y especies como el Woodwardia radicans, el Narcissus cyclamineus, el arándano, el almez, el acebo o la fritillaria están presentes en algunos ríos como el Paiva, Duero, Vouga, Teixeira o Caima. Algunos de los ecosistemas más interesantes, aquí presentes, son las turberas en lo alto de las sierras, el adernal de los valles del Teixeira y del Paiva, los robles verdes y los bosques ribereños muy abundantes, las fragas y afloramientos rocosos serranos y las formaciones de bosques subtropicales que se refugian en los valles más termófilos. En el Caima se desarrolla una de las mejores poblaciones de acebo de Portugal, contando con algunos miles de individuos. Algunas endémicas (especies restringidas a Portugal o la Península Ibérica) de las rocas también están presentes en las fragas y escarpas que marcan todo el territorio, como es el caso del rabaniza, “pólio-das-rochas”, “margarida-das-rochas”, Narcisus asturiensis, Anarrhinum longipedicellatum, ajo-amarillo o el Echinospartum Ibericum. Las turberas de Freita y de Montemuro tienen un cortejo florístico de gran valor, en el que destacan el musgo de turbera, el cervuno, el brezo de turbera, el Narcissus cyclamineus y la “lameirinha”. Los bosques ribereños son una de las formaciones forestales más diversas de Portugal con alisos comunes, sauces, fresnos norteños, sanguineros, espinos albares, avellanos, olmos, álamos, cerezos, perales, castaños, azereros y laureles que constituyen galerías ripícolas de gran belleza.